On peut dire que l’harmonie de l’Institution est née avec l’établissement même, puisqu’elle s’est fait entendre à la première fête patronale de Saint-Louis. Le journal L’Essor porte cette note : ‘’Sous l’habile direction du Frère Joseph-Hermann, la Musique de l’Institution a fait résonner la voûte de l’ancien théâtre de quelques-uns des plus beaux morceaux de son répertoire.’’
Au fondateur de l’Harmonie de Saint-Louis devait succéder en 1899, le Frère Marie-Léon. A cette date, la Musique était ainsi constituée : quatre anciens élèves, vingt quatre élèves et quatre Frères. Elle paraissait déjà aux différentes fêtes religieuses de la ville.
En 1902, au départ du Frère Marie-Léon pour diploma pharmacy in canada le Cap, le Frère Robert-Joseph le remplaça à la tête de l’Harmonie. Celui rentra en France en 1907. Le Frère Marie-Léon revint diriger la Musique de l’Institution. Il s’y maintiendra une quarantaine d’années, ne cédant sa baguette qu’à ses congés réguliers en France au Frère Aretas, au Frère Albin, ou au Frère Joachim.
Sous sa direction, l’Harmonie de Saint-Louis de Gonzague connut de brillants succès, en arriva même à rivaliser avec la Musique de la Garde présidentielle. Elle était de toutes les fêtes religieuses et théâtrales de l’Institution, de toutes les processions (Fête-Dieu, pèlerinages à Notre-Dame du Perpétuel Secours) ; elle paraissait aux diverses fêtes patronales de la ville, aux réceptions à l’Ambassade de France, etc.
On entendait chantonner un peu partout les plus beaux morceaux de son répertoire : Aïda, Sourire d’Avril, Guillaume Tell, Chœur des Soldats, de Faust, Fanfan la Tulipe, etc.
Si le nombre des exécutants de l’Harmonie a varié avec les années et les circonstances, il s’est pourtant généralement maintenu entre trente et quarante.
Les Frères Régis et Lucien-Jean prirent successivement la direction de la Musique de Saint-Louis, quand le Frère Léon, use par l’age, se résigna à s’en détacher. A la mort du maestro, le Frère Lucien-Jean, associant la baguette du maître de chapelle a celle du chef de l’Harmonie prépara des concerts fort applaudis.